Ծնվել է Երևանում: Սովորել է Երևանի Պ.Չայկովսկու անվան միջնակարգ երաժշտական դպրոցի ջութակի բաժնում: 1964թ. ավարտել է Երևանի Կոմիտասի անվան պետական կոնսերվատորիայի Արամ Շամշյանի ալտի, 1970թ.` Ղազարոս Սարյանի ստեղծագործական դասարանները: Մասնակցել է կոմպոզիտորների մի շարք մրցույթներին և արժանացել մրցանակների: 1974-77թթ. աշխատել է Հավանայի (Կուբա) կոնսերվատորիայում: 1969թ-ից դասավանդում է Երևանի Կոմիտասի անվան պետական կոնսերվատորիայում, որտեղ 1998-2006թթ.՝ լարային կվարտետի ամբիոնի վարիչ (1990թ-ից` պրոֆեսոր): 1987-90թթ. եղել է Թ.Ալթունյանի անվան Հայաստանի երգի-պարի պետական անսամբլի գեղարվեստական ղեկավար և դլխավոր դիրիժոր, 1983-96թթ.` Գուսանական և ժողովրդական երգի պետական անսամբլի հիմնադիրն ու գեղարվեստական ղեկավարը: Համերգներով հանդես եկել տարբեր երկրներում: Ռուբեն Ալթունյանը հեղինակ է կոնցերտների, 2 լարային կվարտետի, սիմֆոնիայի, ժողովրդական նվագարանների համար գրված ստեղծագործությունների, 120 ժողովրդական երգի և պարի, հոգևոր և հայրենասիրական երգերի մշակումների տարբեր կազմերի համար և բազմաթիվ այլ ստեղծագործությունների։ Գրել է նաև երաժշտություն մուլտֆիլմերի և մանուկների համար: 1970թ-ից Հայաստանի կոմպոզիտորների միության անդամ է: 1983թ. արժանացել է Հայաստանի վաստակավոր արտիստի կոչման, 2001թ.` ՀՀ Պետական մրցանակի, 2009թ.` ՀՀ մշակույթի նախարարության ոսկե մեդալի և Հայաստանի արվեստի վաստակավոր գործչի կոչման: Մահացել է Երևանում: