Ծնվել է Արևմտյան Հայաստանի Վան քաղաքում: 1868թ. տեղափոխվել է Ագուլիս, որտեղ և ստացել է նախնական կրթությունը։ 1875-78թթ. սովորել է Թավրիզի Արամյան դպրոցում, 1878-79թթ․՝ Էջմիածնի Գևորգյան ճեմարանում։ 1894թ. ավարտել է Ժնևի համալսարանի գրականության և հասարակական գիտությունների ֆակուլտետը։ 15 տարեկանից սկսել է աշխատել, եղել է սևագործ բանվոր, լուսանկարիչ, հեռագրիչ և այլն։ Երկար տարիներ դասավանդել է տարբեր քաղաքների դպրոցներում։ Խմբագիր է աշխատել հայ բանվոր հեղափոխականների ասոցիացիայի «Կռիվ» (1894թ., Թիֆլիս), անլեգալ «Շավիղ» (1894-96թթ․, Թեհրան), 1911-12թթ․՝ «Ղարաբաղ» (Շուշի) շաբաթաթերթում։ Վրթանես Փափազյանը համագործակցել է մի շարք հայալեզու ռուսերեն և եվրոպական հրատարակությունների հետ, այդ թվում՝ «Արձագանք» ամսագրի և «Մշակ» և «Մուրճ» թերթերի հետ։ 1883 թ-ից նա սկսել է գրել հոդվածներ։ 1899 թ-ին իր «Հայ բոշաներ» գնչուների մասին աշխատության համար մեկ տարի անց ընդունվել է Մոսկվայի կայսերական ազգագրական ընկերություն։ Եղել է Արևմտյան Հայաստանի հայության ազգային-ազատագրական շարժման ակտիվ մասնակից, ռուսամետ հայացքների և հակաօսմանական քարոզչության համար դատապարտվել է երեք տարվա ազատազրկման, այնուհետև ազատ է արձակվել։ Կյանքի վերջին տարիներն անցկացրել է Երևանում։ Փափազյանի գրչին են պատկանում մի շարք վեպեր, պատմվածքներ, դրամաներ, գրականության պատմության մասին էսսեներ և այլն։ Նրա բազմաթիվ ստեղծագործությունների հիմնական թեման հայերի պայքարն է թուրքական ճնշումների դեմ։ Նրա ամենահայտնի գործերից են «Նամակներ թուրքաց Հայաստանից» (1889) և «Պատմություն հայոց գրականության սկզբից մինչև մեր օրերը» (1910): ԽՍՀՄ-ում Փափազյանը համարվում էր «մանրբուրժուական» գրող, ներկայացվում էր, որ նրա ստեղծագործություններից շատերը բարձրացրել են օսմանյան կայսրությունում սովորական հայերի և քրդերի դժվարին կյանքը և իշխանությունների կողմից նրանց ճնշումները։ Վրթանես Փափազյանը նաև թարգմանել է ռուս դասական գրողների ստեղծագործությունները հայերեն։ Մահացել է Երևանում։ Թաղվել է Կոմիտասի անվան պանթեոնում։