Родился в Курске. Работал в хоре Григория Ильича Соколова (сына Ильи Осиповича Соколова) гитаристом, аранжировщиком и певцом. После смерти лидера хора - возглавил его и унаследовал родовую соколовскую гитару. Шишкин первым в 1878 совершил гастрольную поездку в Европу. В 1886 г. участвовал в постановке первой цыганской оперетты «Цыганские песни в лицах», в 1892 г. - оперетты «Цыганская жизнь». Хор гастролировал во многих театрах мира.