Родился в Тбилиси. Сурен Чарекян учился в местной консерватории, а в 1932 г. окончил Ленинградскую консерваторию, класс дирижирования А. В. Гаука. В 1928 г. был приглашен в Армению на должность дирижера симфонического оркестра Ереванской консерватории. С 1927 по 1929 гг. - художественный руководитель и главный дирижер филармонического оркестра Армении. С 1932 года он работал с тем же оркестром в Ереванском оперном театре, когда весь состав оркестра консерватории работал в оперном театре. С 1927 по 1929, с 1932 по 1934, с 1945 по 1948, с 1954 по 1979 гг. Чарекян преподавал в Ереванской государственной консерватории им. Комитаса (с 1971 г. - профессор). С 1932 по 1934 и с 1944 по 1979 гг. - дирижер Ереванского национального академического театра оперы и балета им. А. Спендиаряна, с 1957 по 1964 гг. - главный дирижер. С 1934 по 1936гг. - дирижер Тбилисского театра оперы и балета им. З. Палиашвили, с 1936 по 1944 гг. - главный дирижер Ташкентского театра оперы и балета им. Я. Свердлова, руководил узбекские национальные оперы. В 1944 г. Сурену Чарекяну было удостоено звание заслуженного артиста Узбекистана, в 1956 г. - народного артиста Армении. Умер в Ереване.